Pada tahun 1988, GKI Pondok Indah telah menerima tawaran dari pimpinan Sekolah Permata Bunda untuk membuka Pos Sekolah Minggu di Cinere, khususnya untuk murid-murid sekolah tersebut.
Sekolah Permata Bunda yang terletak di Blok H Cinere, terdiri dari TK, SD dan SMP Kristen yang dikelola oleh Yayasan Permata Bunda.
Setelah melalui beberapa kali pembicaraan, akhirnya Pos Sekolah Minggu dibuka pada tanggal 6 Maret 1988.
Ketika itu, Sekolah Minggu dihadiri oleh 20 - 30 anak, dimana sebagian dari anak-anak tersebut bukan dari keluarga Kristen.
Sementara itu wilayah Cinere terus berkembang, sehingga jumlah anggota jemaat GKI Pondok Indah yang berdomisili di Cinere terus bertambah. Hal ini telah menggerakkan hati Majelis Jemaat GKI Pondok Indah untuk segera membuka Pos Kebaktian di Cinere.
Pada pertengahan 1988, diadakan rapat antara Majelis Jemaat GKI Kebayoran Baru, GKI Bintaro dan GKI Pondok Indah, dimana dicapai kesepakatan bahwa GKI Pondok Indah akan mengelola Pos Kebaktian di Cinere. Dalam rapat tersebut ketiga gereja sepakat untuk saling mendukung dan bekerja sama dalam pembukaan Pos Kebaktian yang baru ini.

Pos Kebaktian di Cinere mulai terlaksana pada tanggal 1 Oktober 1989, bertempat di Jl. Cinere Raya no. 17 (Ruko Blok M). Tempat ini merupakan pinjaman salah seorang anggota jemaat. Pada hari kerja tempat ini tetap digunakan sebagai kantor biasa.
Di lokasi ini kebaktian berlangsung di lantai dasar yang berkapasitas kira- kira 95 orang, sedangkan di bagian belakang dilangsungkan Sekolah Minggu. (Sekolah Minggu di Sekolah Permata Bunda tetap berlangsung seperti biasa.)

Melihat perkembangan yang terjadi di Pos Kebaktian Cinere, pada awal tahun 1991 Majelis Jemaat GKI Pondok Indah telah mengusulkan kepada Klasis Jakarta Sinode GKI Jawa Tengah agar status dari Pos Kebaktian Cinere dapat ditingkatkan menjadi Bakal Jemaat Cinere.
Pada tanggal 19 Maret 1991, Persidangan V Majelis Klasis GKI Jawa Tengah Klasis Jakarta telah menerima usulan tersebut. Sebagai persiapan menjelang diresmikan nya Bakal Jemaat Cinere, maka Majelis Jemaat GKI Pondok Indah memutuskan bahwa terhitung mulai tanggal 1 April 1991, Badan Pekerja Pos Cinere diberi wewenang untuk mengelola aktivitas di Pos Cinere termasuk penerimaan dan pengeluaran keuangan,secara mandiri, tetapi tetap bertanggung jawab kepada Majelis Jemaat GKI Pondok Indah.
Kebaktian peresmian Bakal Jemaat Cinere diselenggarakan pada tanggal 29 September 1991, dipimpin oleh Pdt. Agus Susanto STh. Pada kesempatan itu diperingati HUT ke 2 Pos kebaktian Cinere dan sekaligus diresmikan pula tempat kebaktian yang baru yang terletak di Jl. Cinere Raya no. 12 (Ruko Blok M). Tempat yang baru ini adalah sebuah ruko yang dibeli oleh GKI Pondok Indah dan sudah diupgrade sehingga dapat menampung 150 orang (di lantai dasar). Kebaktian dilakukan 2 kali dalam seminggu, sedangkan kebaktian Sekolah Minggu dilakukan di lantai II (dan di sekolah Permata Bunda).
Tetapi pada awal tahun 1993 dirasakan pula bahwa ruangan kebaktian sudah tidak mencukupi lagi, oleh karena itu mulai tanggal 4 April 1993 dilakukan 3 kali kebaktian Minggu, yaitu pada pukul 06.30, 08.30 dan 18.00 BBWI.

GKI Cinere didewasakan pada tanggal 2 Nopember 1995, kebaktian pendewasaan ini dilakukan di GKI Pondok Indah karena tempat kebaktian GKI Cinere (di Ruko) terlalu sempit untuk pelaksanaan kebaktian ini.

Sebagai jemaat baru yang belum mempunyai pendeta sendiri, maka GKI Cinere dilayani oleh Pdt. Agus Susanto STH. Selaku pendeta konsulen, dan sejak tanggal 1 Januari 1999 GKI Cinere telah memiliki seorang pendeta, yaitu dalam diri Pdt. Agus Wiyanto MTh.

Dengan berkat Tuhan menjelang HUT GKI Cinere ke 3 (Nopember 1998) pemerintah Kabupaten Bogor telah mengeluarkan IMB untuk membangun sebuah kompleks gedung gereja di Jl. Lereng Indah - Cinere.

Akhirnya peletakan batu pertama untuk pembangunan gedung gereja GKI Cinere dilakukan pada tanggal 5 April 1999, tepat pada hari Paskah, dengan demikian dimulailah pembangunan gedung serba guna GKI Cinere.

Tanggal 5 Nopember 2000, GKI Cinere merayakan HUT kelima, sekaligus kebaktian perdana di ruang pertemuan gedung serba guna yang baru, setalah itu secara bertahap aktivitas GKI Cinere di Sekolah Permata Bunda dipindahkan ke gedung baru ini.

Pemindahan terakhir dilakukan oleh kelompok Sekolah Minggu, yaitu pada bulan Nopember 2001.